Am Boden liegende Walnüsse können an kühlen, nassen Tagen rasch schimmeln. Deshalb empfiehlt es sich, die Nüsse alle zwei Tage aufzusammeln und von grünen Schalenresten zu befreien. Danach gehören sie ins Trockene, allerdings darf die Temperatur nicht über 35 °C betragen. Gut geeignet zum Trocknen sind flache Holzkisten, in denen die Walnüsse in einer Lage liegend, trocknen.
Wichtig ist eine kühle Lagerung der Nüsse, sonst schmeckt der hohe Fettanteil der Kerne mit der Zeit ranzig. Getrocknet, in der Schale und kühl gelagert halten sich die Nüsse ein Jahr bis zur nächsten Ernte. Die Kerne selbst sind in verschlossenen Behältern kühl gelagert ebenfalls ein Jahr lagerfähig. Am frischesten schmecken die Nüsse allerdings, wenn man die Kerne einfriert.
Schimmelige Walnüsse müssen auf jeden Fall aussortiert und verworfen werden, denn die Schimmelart, die Walnüsse befällt, ist hochgiftig.